Al pasar de 5.1 a Stereo con Prologic II, se pierden las pistas de subtitulos

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Hola, quiero pasar el sonido de una peli con Avidemux, de AC3 5.1 a MP3 Stereo (no tengo un sistema de sonido de 5 altavoces) usando el filtro Prologic 2, pero al hacerlo, he visto que si la peli tenia dos bandas sonoras y pistas de subtitulos, pierdo las pistas de subtitulos. Alguien sabe como se puede evitar? NO quisiera tener que sacar las pistas de subtitulos, convertirlo a Prologic II y volver a incorporarlas.
Gracias