Audio glitch merging 2 videos with different audio (AAC LC) parameters

[DareDaniel]

I wanted to merge 2 videos with different types of video and audio codecs.
I have encoded video 1 and video 2 to the same codecs. However, after merging them, video 2 gets bad audio.
I noticed afterwards that both videos have different AAC LC parameters. Is that the reason for this issue?
The problem isn't solved even after encoding merged video 1+video 2 to a different audio codec.

Video 1:

Audio
ID                                       : 2
Format                                   : AAC LC
Format/Info                              : Advanced Audio Codec Low Complexity
Codec ID                                 : A_AAC-2
Duration                                 : 6 s 272 ms
Channel(s)                               : 2 channels
Channel layout                           : L R
Sampling rate                            : 48.0 kHz
Frame rate                               : 46.875 FPS (1024 SPF)
Compression mode                         : Lossy
Delay relative to video                  : -83 ms
Language                                 : Japanese
Default                                  : Yes
Forced                                   : No

Video 2

Audio
ID                                       : 2
Format                                   : AAC LC
Format/Info                              : Advanced Audio Codec Low Complexity
Codec ID                                 : A_AAC-2
Duration                                 : 9 s 728 ms
Bit rate                                 : 384 kb/s
Channel(s)                               : 6 channels
Channel layout                           : C L R Ls Rs LFE
Sampling rate                            : 48.0 kHz
Frame rate                               : 46.875 FPS (1024 SPF)
Compression mode                         : Lossy
Delay relative to video                  : -84 ms
Stream size                              : 457 KiB (3%)
Language                                 : Japanese
Default                                  : Yes
Forced                                   : No

Merged video shows the same parameters of video 1, which doesn't have issues with the audio

Audio
ID                                       : 2
Format                                   : AAC LC
Format/Info                              : Advanced Audio Codec Low Complexity
Codec ID                                 : A_AAC-2
Duration                                 : 15 s 974 ms
Channel(s)                               : 2 channels
Channel layout                           : L R
Sampling rate                            : 48.0 kHz
Frame rate                               : 46.875 FPS (1024 SPF)
Compression mode                         : Lossy
Delay relative to video                  : -83 ms
Language                                 : Japanese
Default                                  : Yes
Forced                                   : No

[eumagga0x2a]

I noticed afterwards that both videos have different AAC LC parameters. Is that the reason for this issue?

Yes, all properties of all audio tracks in all appended videos must match perfectly. You need to re-encode audio of the second video with downmixing to stereo enabled prior to appending.

[DareDaniel]

Thank you, it worked! 

[phaolo]

I noticed afterwards that both videos have different AAC LC parameters. Is that the reason for this issue?

Yes, all properties of all audio tracks in all appended videos must match perfectly. You need to re-encode audio of the second video with downmixing to stereo enabled prior to appending.

Can you please make Avidemux warn the user about this?

[eumagga0x2a]

This is definitely wanted, turned out to be not completely trivial to implement.